Le virus associé à l’enfoncement des tiges de la vigne rupestre (GRSPaV; Foveavirus rupestris, Betaflexiviridae) est le virus de la vigne le plus répandu dans la plupart des régions viticoles, et ce virus présente une grande variabilité génétique. La diversité génétique de GRSPaV en Algérie a été étudiée, basée sur le gène complet de la protéine de capside (CP).
Synthèse A. R.
Les proportions de similarité entre les séquences CP variaient de 76 % à 99 %. La séquence complète du gène codant pour l’isolat algérien de GRSPaV, ALG99 (8 646 nt), a été déterminée par séquençage à haut débit et analyses bio-informatiques. Les isolats algériens de GRSPaV se sont regroupés en quatre groupes, la majorité des séquences se trouvant dans les groupes III et IV.
Cette recherche réalisée par un groupe de chercheurs algériens est la première à déterminer la variabilité génétique de GRSPaV en Algérie.
Placée sous le thème : « Diversité génétique du virus associé à GRSPaV en Algérie», cette étude a été publiée par « Phytopathologia Mediterranea The international journal of the Mediterranean Phytopathological Union». En effet, GRSPaV est le virus de la vigne prédominant signalé en Algérie, avec un taux d’infection de 57,92 % (Bachir et al., 2019).
La prévalence de ce virus dans les vignobles algériens n’est pas surprenante, car il s’agit d’un virus courant dans de nombreux pays producteurs de vin (Martelli, 1993 ; Digiaro et al., 1999 ; Meng et Gonsalves, 2007 ; Fiore et al., 2016 ; Selmi et al., 2017 ; Morelli et al., 2011). La forte incidence dans les vignobles peut être principalement attribuée à la diffusion par le matériel de propagation de la vigne.
La transmission naturelle de GRSPaV n’a pas été décrite, bien que le virus ait été signalé avec une incidence élevée dans la plupart des régions où la vigne est cultivée, ainsi que chez les vignes sauvages dans le bassin méditerranéen (Pacifico et al., 2016 ; Selmi et al., 2020).
L’examen des relations nucléotidiques entre les isolats de GRSPaV pour les gènes CP a montré que les similarités allaient de 76 à 99 %. La souche algérienne DZ-GRSPaV-N18 a montré la plus grande similarité (99 %) avec la souche CG1.
L’analyse a révélé, indique la même étude, que certaines souches sont fortement liées. Par exemple, les souches DZGRSPaV-N09, DZ-GRSPaVN10, DZ-GRSPaV-N14 et DZ-GRSPaV-N15 présentaient une grande similarité nucléotidique mais étaient différentes des souches DZ-GRSPaV-N11, DZGRSPaV-N13 et DZ-GRSPaVN17, qui avaient une similarité de 92 à 97 %. Les deux souches DZGRSPaV-N16 et DZ-GRSPaVN18 avaient une faible similarité entre elles et avec les autres souches algériennes.
Ces résultats sont cohérents avec ceux rapportés ailleurs. Selmi et al. (2020) ont montré une grande variabilité du gène CP des souches tunisiennes, avec une similarité nucléotidique allant de 71 à 100 %. Hu et al. (2015) ont rapporté une grande variabilité des souches chinoises, avec une similarité nucléotidique de 82 à 98 %. Alabi et al. (2010) ont rapporté une variabilité génétique significative des souches aux États-Unis, pour les gènes CP et RdRP de GRSPaV, avec des similarités nucléotidiques allant de 79 à 100 %. Une étude phylogénétique du
gène CP a été réalisée pour les souches séquencées et pour les souches téléchargées de GenBank. L’arbre phylogénétique construit a confirmé les résultats obtenus lors des comparaisons nucléotidiques des souches algériennes et a révélé la présence de neuf groupes distincts. Les séquences algériennes de GRSPaV…
Les séquences obtenues à partir de variétés de raisin de table et de raisin de vin se sont regroupées en quatre groupes : I, II, III et IV, la majorité (huit) des séquences étant regroupées dans les groupes III et IV. L’analyse phylogénétique de Selmi et al. (2020) a montré que les séquences de GRSPaV tunisiennes se sont regroupées en quatre groupes principaux : I, II, III et IV, avec le groupe III contenant principalement des souches provenant de vignes commerciales. Cependant, Selmi et al. (2020) ont montré la présence de deux nouveaux groupes composés de souches tunisiennes provenant de vignes spontanées et cultivées autochtones. Cela suggère que des habitats naturels confinés pourraient être des sources de diversité virale.
Plusieurs études ont examiné la distribution des variantes de GRSPaV. Meng et al. (2006) ont rapporté que les analyses phylogénétiques basées sur le gène CP pour des souches de raisins de table et de raisin de vin aux États-Unis, au Canada et en Italie étaient réparties dans les groupes I, II, III et IV. Ils ont rapporté que 68 % des GRSPaV étaient des variantes des groupes I et II, 24 % des variantes du groupe III, et seulement 8 % des variantes du groupe IV. Hooker (2017) a également rapporté que plus de 50 % des variantes aux États-Unis se sont regroupées dans le groupe IV, et 23 % dans le groupe I.
Ces variations des souches virales peuvent être dues à la large commercialisation de matériel végétal de Vitis infecté par ces variantes.
D’autres études, recommandent les chercheurs, sur les taux d’infection des variétés de vignes autochtones et sauvages sont nécessaires pour mieux comprendre la distribution et l’évolution de GRSPaV dans les différentes régions de l’Algérie.
A. R.
